Phylogenetic summary of ncRNA families
This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of ncRNA families. The following views are available:- Overview
- Gene tree coverage for each species
- Size of gene trees (split by their root taxon)
- Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events
Overall Summary
| Legend | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Internal nodes (ancestral taxa) | Node types | Speciations | Duplications | Dubious nodes | ||
| Leaves (extant species) | Gene tree coverage | Genes in multi-species trees | Genes in single-species trees | Orphaned genes | ||
| Species-specific duplications | Single-copy genes | Multi-copy genes | ||||
 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||
| | | Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||
| | | Common wombat (Vombatus ursinus) | ||||||||||||||||||||||||||
| | | | Koala (Phascolarctos cinereus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | | Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | | Opossum (Monodelphis domestica) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | |||||||||||||||||||||||
| | | | Sheep (Ovis aries reference breed) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Shrew mouse (Mus pahari strain PAHARI_EIJ) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Macaque (Macaca mulatta) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Pig-tailed macaque (Macaca nemestrina) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Rat (Rattus norvegicus strain BN/NHsdMcwi) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Bolivian squirrel monkey (Saimiri boliviensis boliviensis) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Human (Homo sapiens) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Cow (Bos taurus reference breed) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Drill (Mandrillus leucophaeus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Northern American deer mouse (Peromyscus maniculatus bairdii) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Polar bear (Ursus maritimus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Panamanian white-faced capuchin (Cebus imitator) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Sperm whale (Physeter catodon) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Algerian mouse (Mus spretus strain SPRET/EiJ) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Eurasian red squirrel (Sciurus vulgaris) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Yarkand deer (Cervus hanglu yarkandensis) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Bushbaby (Otolemur garnettii) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Megabat (Pteropus vampyrus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Dog (Canis lupus familiaris reference breed) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Greater bamboo lemur (Prolemur simus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | | Long-tailed chinchilla (Chinchilla lanigera) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Narwhal (Monodon monoceros) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Gorilla (Gorilla gorilla gorilla) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Golden snub-nosed monkey (Rhinopithecus roxellana) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Mouse Lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Microbat (Myotis lucifugus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Mouse (Mus musculus reference (CL57BL6) strain) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Hyrax (Procavia capensis) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Lesser Egyptian jerboa (Jaculus jaculus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Hedgehog (Erinaceus europaeus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Sooty mangabey (Cercocebus atys) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Red fox (Vulpes vulpes) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Black snub-nosed monkey (Rhinopithecus bieti) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Vaquita (Phocoena sinus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | American bison (Bison bison bison) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Ryukyu mouse (Mus caroli strain CAROLI_EIJ) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Upper Galilee mountains blind mole rat (Nannospalax galili) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Ma's night monkey (Aotus nancymaae) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Arabian camel (Camelus dromedarius) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Tree Shrew (Tupaia belangeri) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Ferret (Mustela putorius furo) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Horse (Equus caballus breed thoroughbred) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Kangaroo rat (Dipodomys ordii) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Tarsier (Carlito syrichta) | ||||||||||||||||||||||
| | | | Prairie vole (Microtus ochrogaster) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | American black bear (Ursus americanus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Chinese hamster CHOK1GS (Cricetulus griseus CHOK1GS_HDv1) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Cat (Felis catus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Pika (Ochotona princeps) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Golden Hamster (Mesocricetus auratus) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Olive baboon (Papio anubis) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Domestic yak (Bos grunniens) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Beluga whale (Delphinapterus leucas) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | Donkey (Equus asinus reference breed) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | | Alpaca (Vicugna pacos) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Squirrel (Ictidomys tridecemlineatus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Wild yak (Bos mutus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Tiger (Panthera tigris altaica) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Leopard (Panthera pardus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Hybrid - Bos Indicus (Bos indicus x Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Pig (Sus scrofa reference breed) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Chacoan peccary (Catagonus wagneri) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Chimpanzee (Pan troglodytes) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Arctic ground squirrel (Urocitellus parryii) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Naked mole-rat female (Heterocephalus glaber reference strain) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Dolphin (Tursiops truncatus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Blue whale (Balaenoptera musculus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Alpine marmot (Marmota marmota marmota) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Sloth (Choloepus hoffmanni) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Coquerel's sifaka (Propithecus coquereli) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Shrew (Sorex araneus) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Goat (Capra hircus reference breed) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Gibbon (Nomascus leucogenys) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Lion (Panthera leo) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||
| | | | | | Steppe mouse (Mus spicilegus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Degu (Octodon degus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Siberian musk deer (Moschus moschiferus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Vervet-AGM (Chlorocebus sabaeus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Crab-eating macaque (Macaca fascicularis) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | American mink (Neogale vison) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Giant panda (Ailuropoda melanoleuca reference isolate) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Guinea Pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Dingo (Canis lupus dingo) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Bonobo (Pan paniscus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | |||||||||||||||||
| | | | | | Common wall lizard (Podarcis muralis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | African ostrich (Struthio camelus australis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Chinese softshell turtle (Pelodiscus sinensis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Collared flycatcher (Ficedula albicollis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Australian saltwater crocodile (Crocodylus porosus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Indian cobra (Naja naja) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Blue-ringed sea krait (Laticauda laticaudata) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Three-toed box turtle (Terrapene carolina triunguis) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Golden eagle (Aquila chrysaetos chrysaetos) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Tuatara (Sphenodon punctatus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Duck (Anas platyrhynchos platyrhynchos) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Common canary (Serinus canaria) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | Japanese quail (Coturnix japonica) | ||||||||||||||||
| | | | | | Turkey (Meleagris gallopavo reference strain) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Eastern brown snake (Pseudonaja textilis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Green anole (Anolis carolinensis reference strain) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Chicken (Gallus gallus reference breed) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Kakapo (Strigops habroptila) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Medium ground-finch (Geospiza fortis) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Argentine black and white tegu (Salvator merianae) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Goodes thornscrub tortoise (Gopherus evgoodei) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Pink-footed goose (Anser brachyrhynchus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Abingdon island giant tortoise (Chelonoidis abingdonii) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Mainland tiger snake (Notechis scutatus) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Great Tit (Parus major) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||
| | | | | | Leishan spiny toad (Leptobrachium leishanense) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | | Coelacanth (Latimeria chalumnae) | ||||||||||||
| | | | | | Paramormyrops kingsleyae (Paramormyrops kingsleyae) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Asian bonytongue (Scleropages formosus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Common carp (Cyprinus carpio carpio) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Bicolor damselfish (Stegastes partitus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Barramundi perch (Lates calcarifer) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Goldfish (Carassius auratus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Monterrey platyfish (Xiphophorus couchianus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Pike-perch (Sander lucioperca) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Tetraodon (Tetraodon nigroviridis) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Sheepshead minnow (Cyprinodon variegatus) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | Gilthead seabream (Sparus aurata) | |||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Sailfin molly (Poecilia latipinna) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Clown anemonefish (Amphiprion ocellaris ecotype Okinawa) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Ballan wrasse (Labrus bergylta) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Lyretail cichlid (Neolamprologus brichardi) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | Pinecone soldierfish (Myripristis murdjan) | ||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Siamese fighting fish (Betta splendens) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Greater amberjack (Seriola dumerili) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Climbing perch (Anabas testudineus reference strain) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Nile tilapia (Oreochromis niloticus) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Atlantic herring (Clupea harengus reference strain) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Orange clownfish (Amphiprion percula) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Turquoise killifish (Nothobranchius furzeri) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Northern pike (Esox lucius reference strain) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Zebra mbuna (Maylandia zebra) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Electric eel (Electrophorus electricus reference strain) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Indian medaka (Oryzias melastigma) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Eastern happy (Astatotilapia calliptera reference strain) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Large yellow croaker (Larimichthys crocea) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Amazon molly (Poecilia formosa) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Coho salmon (Oncorhynchus kisutch) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Mummichog (Fundulus heteroclitus) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Platyfish (Xiphophorus maculatus) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Red-bellied piranha (Pygocentrus nattereri reference strain) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Atlantic salmon (Salmo salar) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Zebrafish (Danio rerio) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Yellowtail amberjack (Seriola lalandi dorsalis) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Japanese medaka HdrR (Oryzias latipes) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | Midas cichlid (Amphilophus citrinellus) | |||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | Lumpfish (Cyclopterus lumpus) | |||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | Denticle herring (Denticeps clupeoides reference strain) | |||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | Mangrove rivulus (Kryptolebias marmoratus) | |||||||||||||||||||
| | | | | | | | | European seabass (Dicentrarchus labrax) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Huchen (Hucho hucho) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Javanese ricefish (Oryzias javanicus) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Spiny chromis (Acanthochromis polyacanthus) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Channel catfish (Ictalurus punctatus strain USDA103-YYmale1) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Mexican tetra (Astyanax mexicanus) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Burton's mouthbrooder (Haplochromis burtoni) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | Stickleback (Gasterosteus aculeatus aculeatus reference strain) | ||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | Tongue sole (Cynoglossus semilaevis) | ||||||||||||||
| | | | | | | | Turbot (Scophthalmus maximus) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Zig-zag eel (Mastacembelus armatus) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Channel bull blenny (Cottoperca gobio) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Atlantic cod (Gadus morhua) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Makobe Island cichlid (Pundamilia nyererei) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Fugu (Takifugu rubripes) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Chinese medaka (Oryzias sinensis) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Brown trout (Salmo trutta) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Tiger tail seahorse (Hippocampus comes) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha reference strain) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | Guppy (Poecilia reticulata) | |||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | Reedfish (Erpetoichthys calabaricus) | |||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Elephant shark (Callorhinchus milii) | ||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | C.intestinalis (Ciona intestinalis) | ||||||
| | | | C.savignyi (Ciona savignyi) | |||||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Caenorhabditis elegans (Nematode, N2) (Caenorhabditis elegans strain N2) | |||||
| | | Drosophila melanogaster (Fruit fly) (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||
| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Saccharomyces cerevisiae (Saccharomyces cerevisiae S288C) |