Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2704238427644
44.4 %51.5 %
Bilateral animals (Bilateria)939471811449764
18.5 %28.3 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37953710850
66.5 %66.5 %
Chordates (Chordata)946773551444668
15.7 %22.9 %
Vertebrates (Vertebrata)214141308454262904
14.1 %21.7 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)619154077840
65.6 %65.6 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)266251558253325711
9.7 %20.1 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395962574068357021
6.3 %12.8 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1399012828420742
4.4 %12.2 %
Tetrapods (Tetrapoda)1722815340979909
7.7 %14.9 %
Amniotes (Amniota)310022210334545445
4.0 %10.3 %
Mammals (Mammalia)16167144136451109
7.9 %21.4 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)212141828816611265
10.2 %18.0 %
Placentals (Eutheria)7036545267588919209
2.5 %10.5 %
African mammals (Afrotheria)22576224351410
63.6 %63.6 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)834882321160
65.1 %65.1 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5468236676480913197
2.5 %9.5 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)889248271016104604
4.3 %16.6 %
Bats (Chiroptera)123271210129197
6.4 %50.0 %
Yinpterochiroptera1251012499110
59.1 %59.1 %
Carnivores (Carnivora)2152820716338474
12.3 %29.6 %
Cat family (Felidae)1700816322451235
36.5 %55.6 %
Panthera32692324192730
62.0 %62.0 %
Caniforms (Caniformia)3830237631407264
23.3 %38.4 %
Bears (Ursidae)1671716272275170
36.8 %59.6 %
Ursus14525142033220
64.0 %64.0 %
Mustelinae15660153762840
70.4 %70.4 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1862317420798405
44.4 %66.9 %
Gray wolf (Canis lupus)17371167696020
76.6 %76.6 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5845557295717443
18.5 %29.9 %
Suina16458162582000
72.8 %72.8 %
Whales & dolphins (Cetacea)1872317677709337
29.0 %42.7 %
Tooth whales (Odontoceti)4978248908572302
34.3 %52.4 %
Monodontidae15959158581010
70.8 %70.8 %
Camelidae963095081220
59.0 %59.0 %
Pecora40891378982031962
30.2 %44.5 %
Bovids (Bovidae)2118720105710372
34.0 %51.8 %
Bovinae20642184259551262
20.8 %48.2 %
Cattle (Bos)535455196115840
70.8 %70.8 %
Caprinae16427160443830
68.8 %68.8 %
Insectivores (Eulipotyphla)54245395290
62.1 %62.1 %
Equus183571707512820
77.7 %77.7 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)470414093812284875
2.5 %12.2 %
Rodents and rabbits (Glires)1525814651142465
5.5 %23.5 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1065810569890
68.5 %68.5 %
Rodents (Rodentia)5256251355533674
12.9 %29.3 %
Sciuridae181231768042617
55.0 %57.2 %
Marmotini34041331818600
64.4 %64.4 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46297458294680
58.6 %58.6 %
Mice and others (Myomorpha)14515143529271
28.4 %50.3 %
Muroidea37843363571149337
38.8 %50.2 %
Old World rodents (Murinae)192311858260643
56.9 %60.9 %
Mice (Mus)191021862537899
46.2 %58.3 %
Mus591235764814750
65.7 %65.7 %
Cricetidae353203499723687
39.1 %53.6 %
Hamsters (Cricetinae)15926158001260
64.3 %64.3 %
Primates (Primates)2129320207405681
8.4 %22.5 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15078149699316
40.1 %47.0 %
Lemuriformes31164308772870
58.8 %58.8 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)128191260311997
12.3 %22.3 %
Simians (Simiiformes)268222316123881273
22.3 %34.2 %
New World monkeys (Platyrrhini)1928217813908561
27.3 %44.1 %
Cebidae31687313833040
62.2 %62.2 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)276562464815881420
16.3 %31.0 %
Apes (Hominoidea)1924918382421446
20.0 %41.1 %
Great apes (Hominidae)1818817870210108
30.4 %46.1 %
Hominines (Homininae)3794537224509212
39.3 %55.7 %
Chimpanzees (Pan)18851187121390
65.8 %65.8 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2263621064744828
16.9 %35.7 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)773287435218601116
35.1 %56.1 %
Macaques (Macaca)335283243110970
72.5 %72.5 %
Rhinopithecus17942176452970
70.7 %70.7 %
Marsupials (Marsupialia)35513335581598357
44.2 %54.1 %
Diprotodontia30175296005750
70.1 %70.1 %
Reptiles and birds (Sauria)265642139514033766
6.2 %23.0 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)124651226014164
23.0 %33.5 %
Episquamata21062182009471915
13.1 %39.5 %
Toxicofera1218912105759
35.9 %40.2 %
Elapidae32956305541624778
34.4 %50.9 %
Acanthophiinae14087138682190
64.8 %64.8 %
Laterata14053139401130
64.2 %64.2 %
Birds and turtles (Archelosauria)1822217138330754
7.7 %25.2 %
Archosauria115861140245139
5.2 %21.4 %
Birds (Aves)15056130573441655
4.2 %24.5 %
Birds (Neognathae)20481180573312093
3.1 %22.8 %
Fowls (Galloanserae)141901401563112
13.3 %37.0 %
Waterfowl (Anatidae)12716125361800
66.1 %66.1 %
Turkeys (Phasianidae)26409260473620
60.0 %60.0 %
Core landbirds (Telluraves)149361406791778
3.1 %29.2 %
Australaves11710116662222
15.8 %31.6 %
Perching birds (Passeriformes)44337399063954036
4.1 %46.2 %
Passeroidea79937963300
60.0 %60.0 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)151671450956692
41.3 %48.0 %
Testudinoidea216301918014321018
30.0 %51.3 %
Tortoises (Testudinidae)15361150862750
64.5 %64.5 %
Terrapins (Emydidae)16003155174860
64.1 %64.1 %
Frogs & toads (Anura)15363146597040
73.4 %73.4 %
Bony fishes (Actinopterygii)17152150921296764
13.9 %22.2 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16703147381315650
15.6 %23.3 %
Osteoglossocephalai303922172563052362
24.6 %33.8 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)194481786515830
82.0 %82.0 %
Teleost fishes (Clupeocephala)411743101353914770
14.5 %27.3 %
Otomorpha2166320913383367
18.1 %35.4 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15888157721160
62.9 %62.9 %
Teleost fishes (Otophysi)2197821444399135
33.9 %45.4 %
Cyprinoidei2155320301123616
67.7 %68.5 %
Cyprininae5229035011172790
89.1 %89.1 %
Characiphysae3823337600490143
41.3 %53.4 %
Characoidei19916195333830
67.9 %67.9 %
Euteleosteomorpha285992540716521540
10.5 %20.2 %
Protacanthopterygii2277521476123960
47.8 %50.1 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10153478049212532232
62.9 %69.5 %
Oncorhynchus710056796730380
70.9 %70.9 %
Salmo345793255320260
78.2 %78.2 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)20006181355951276
7.2 %22.5 %
Euacanthomorphacea25567202838644420
2.4 %14.7 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)182496140706556136229
1.9 %14.1 %
Anabantaria13529134802326
25.5 %54.3 %
Anabantoidei1126211170920
69.0 %69.0 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40935392236441068
9.9 %26.4 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1935318835187331
12.9 %35.9 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2031519809314192
25.6 %41.3 %
Aplocheiloidei1469914640590
66.9 %66.9 %
Cyprinodontoidei4012239145859118
42.1 %47.9 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2387922258977644
28.0 %46.5 %
Xiphophorus16648163602880
67.5 %67.5 %
Poecilia39255384987570
65.9 %65.9 %
Oryzias579605599119690
69.4 %69.4 %
Cichlids (Cichlidae)205431962484277
50.0 %54.5 %
Pseudocrenilabrinae483804342032691691
32.3 %49.0 %
Haplochromini636706206416060
62.1 %62.1 %
Damselfishes (Pomacentridae)394703893349443
55.0 %59.8 %
Amphiprion20306196836230
76.8 %76.8 %
Teleost fishes (Eupercaria)70811676413502820
4.5 %40.6 %
Puffers (Tetraodontidae)14604144731310
67.6 %67.6 %
Eupercaria incertae sedis1367113655160
56.2 %56.2 %
Perches and others (Perciformes)319653175257156
14.8 %55.3 %
Cottioidei1374413727170
55.9 %55.9 %
Carangaria320053158290333
9.7 %45.8 %
Seriola20244197724720
74.8 %74.8 %
Pleuronectoidei48474833140
53.6 %53.6 %
Ciona sea squirts (Ciona)8832740014320
77.3 %77.3 %