Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2669238024940
46.5 %54.0 %
Bilateral animals (Bilateria)948671991467820
18.3 %28.5 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37413663780
64.7 %64.7 %
Chordates (Chordata)944273381473631
16.4 %23.5 %
Vertebrates (Vertebrata)212221304053662816
14.2 %21.7 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)266231558753535683
9.5 %19.6 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395632580168686894
6.5 %13.0 %
Bony fishes (Actinopterygii)17078150561312710
13.6 %20.9 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16585147131246626
15.9 %23.9 %
Osteoglossocephalai304422172863452369
24.6 %33.7 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)195111789116200
81.8 %81.8 %
Teleost fishes (Clupeocephala)411053098253334790
14.3 %27.2 %
Otomorpha2176820990381397
17.5 %35.8 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15861157461150
62.6 %62.6 %
Teleost fishes (Otophysi)2203921501411127
33.3 %43.6 %
Cyprinoidei2153420274124614
68.2 %69.0 %
Cyprininae5215834948172100
89.0 %89.0 %
Characiphysae3822837585505138
41.3 %52.6 %
Characoidei19921195363850
69.5 %69.5 %
Euteleosteomorpha285832535116981534
11.2 %21.3 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)20035181795701286
6.7 %21.8 %
Euacanthomorphacea25579202378834459
2.4 %14.6 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)183071140907548036684
1.8 %13.9 %
Teleost fishes (Eupercaria)70681675963152770
4.3 %41.7 %
Eupercaria incertae sedis1377613753230
52.2 %52.2 %
Perches and others (Perciformes)319463171859169
13.7 %53.0 %
Cottioidei1362013604160
62.5 %62.5 %
Puffers (Tetraodontidae)14622144871350
70.0 %70.0 %
Carangaria319483156177310
9.2 %46.3 %
Seriola20222197454770
72.7 %72.7 %
Pleuronectoidei47724760120
54.2 %54.2 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40716390925691055
9.3 %26.6 %
Damselfishes (Pomacentridae)394243887250151
53.2 %58.6 %
Amphiprion20258196286300
77.4 %77.4 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1948518912209364
13.3 %36.4 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2028919767316206
24.5 %40.5 %
Aplocheiloidei1476114711500
67.0 %67.0 %
Cyprinodontoidei4008739149822116
42.0 %47.9 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2393022314982634
28.7 %47.2 %
Poecilia39222384577650
65.1 %65.1 %
Xiphophorus16615163352800
65.9 %65.9 %
Oryzias579805595020300
68.6 %68.6 %
Cichlids (Cichlidae)205331962981490
49.3 %54.7 %
Pseudocrenilabrinae484024342632491727
32.1 %49.1 %
Haplochromini636326200616260
61.7 %61.7 %
Anabantaria13409133651727
20.1 %52.0 %
Anabantoidei1125811169890
68.0 %68.0 %
Protacanthopterygii2278721508121861
47.8 %50.2 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10195978108214942357
62.4 %69.2 %
Salmo345283249720310
77.6 %77.6 %
Oncorhynchus709656792430410
71.3 %71.3 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1401312799456758
4.6 %12.4 %
Tetrapods (Tetrapoda)1716015326973861
8.4 %15.8 %
Amniotes (Amniota)312582207435625622
3.9 %10.2 %
Reptiles and birds (Sauria)263932134114003652
6.2 %22.5 %
Birds and turtles (Archelosauria)1815717093324740
7.7 %25.4 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1522214530581111
40.9 %48.7 %
Testudinoidea217411925014451046
29.5 %50.8 %
Terrapins (Emydidae)15968155334350
65.4 %65.4 %
Tortoises (Testudinidae)15273150102630
64.4 %64.4 %
Archosauria115611140849104
5.6 %17.4 %
Birds (Aves)1432813056307965
6.2 %25.7 %
Birds (Neognathae)47680459774491254
7.2 %27.2 %
Perching birds (Passeriformes)44473399514204102
4.2 %45.4 %
Passeroidea78947868260
57.7 %57.7 %
Fowls (Galloanserae)144461426756123
10.3 %32.9 %
Waterfowl (Anatidae)12744125601840
66.3 %66.3 %
Turkeys (Phasianidae)26529261753540
60.2 %60.2 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)124681226813862
21.0 %30.4 %
Episquamata21062182089141940
12.7 %39.7 %
Toxicofera12208120979813
36.3 %41.1 %
Elapidae33020305761631813
33.8 %50.6 %
Acanthophiinae14023138082150
65.3 %65.3 %
Laterata14041139411000
66.5 %66.5 %
Mammals (Mammalia)16089143946791016
8.5 %21.3 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)213201839816911231
10.4 %18.0 %
Placentals (Eutheria)7061045405602519180
2.5 %10.4 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5519336945490013348
2.5 %9.5 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)887528251015514691
4.4 %17.7 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5861757463720434
18.5 %29.6 %
Camelidae964595211240
59.7 %59.7 %
Whales & dolphins (Cetacea)1870117653708340
29.1 %43.0 %
Tooth whales (Odontoceti)4976448883576305
34.3 %52.5 %
Monodontidae1599015900900
71.7 %71.7 %
Suina16480162811990
71.9 %71.9 %
Pecora41044380122078954
30.8 %45.0 %
Bovids (Bovidae)22638209831251404
44.2 %58.5 %
Bovinae20678184559061317
20.1 %49.3 %
Oxen, cattle (Bos)547035290318000
66.5 %66.5 %
Caprinae16440160683720
70.8 %70.8 %
Carnivores (Carnivora)2132920560312457
12.9 %31.7 %
Cat family (Felidae)1836317598513252
37.9 %56.5 %
Panthera32583323482350
62.3 %62.3 %
Caniforms (Caniformia)3838637715414257
23.2 %37.5 %
Bears (Ursidae)1671916274281164
36.4 %57.7 %
Ursus14538142183200
65.3 %65.3 %
Mustelinae15664153782860
69.8 %69.8 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1862717434811382
45.2 %66.5 %
Gray wolf (Canis lupus)17348167476010
75.7 %75.7 %
Insectivores (Eulipotyphla)53775355220
68.2 %68.2 %
Bats (Chiroptera)1478813646321110
1.2 %42.7 %
Microchiroptera99489928200
65.0 %65.0 %
Equus183141708312310
77.7 %77.7 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)471344093312514950
2.7 %13.2 %
Primates (Primates)2120720202327678
6.2 %19.1 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)127541253912590
16.4 %28.2 %
Simians (Simiiformes)267502316423451241
22.5 %34.4 %
New World monkeys (Platyrrhini)1933917810946583
27.4 %44.3 %
Cebidae31662313613010
62.2 %62.2 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)276542471315921349
16.6 %30.7 %
Apes (Hominoidea)1925318365431457
19.9 %41.1 %
Great apes (Hominidae)1816117840203118
29.1 %46.0 %
Hominines (Homininae)3796837233508227
38.3 %55.4 %
Chimpanzees (Pan)18810186601500
65.7 %65.7 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2271021113727870
16.4 %36.0 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)773007436518701065
36.3 %56.9 %
Macaques (Macaca)336353250511300
71.7 %71.7 %
Rhinopithecus17880175942860
72.4 %72.4 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15060149637225
33.8 %45.5 %
Lemuriformes31211309182930
58.1 %58.1 %
Rodents and rabbits (Glires)1531014708134468
4.6 %20.9 %
Rodents (Rodentia)5258251366527689
13.0 %30.0 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46286458554310
58.2 %58.2 %
Sciuridae180441761641414
55.7 %57.5 %
Marmotini34101332238780
63.4 %63.4 %
Mice and others (Myomorpha)145741440510960
29.1 %45.2 %
Muroidea37906364621159285
39.1 %48.8 %
Old World rodents (Murinae)193551866465536
54.5 %57.5 %
Mice (Mus)1913218631386115
41.7 %54.2 %
Mus575045638511190
61.4 %61.4 %
Cricetidae353193500123187
40.0 %55.0 %
Hamsters (Cricetinae)15889157491400
62.1 %62.1 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1059710502950
67.4 %67.4 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)833382211120
63.4 %63.4 %
African mammals (Afrotheria)22489223351540
63.2 %63.2 %
Marsupials (Marsupialia)35560335931608359
44.4 %54.3 %
Diprotodontia30101295865150
72.2 %72.2 %
Frogs & toads (Anura)15366146607060
73.8 %73.8 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)618954047850
65.4 %65.4 %
Ciona sea squirts (Ciona)8811739414170
77.6 %77.6 %